實行會計集中核算，猶如一道堅固的防線，較好地預防和阻止了各種違法違紀行為，從源頭上制止了腐敗發生的可能，為建立公開、高效、廉潔、務實的財務管理機制積累了寶貴經驗。
積極作用
增強了預算約束力。會計集中核算是嚴格行政單位預算執行管理的最直接、最有效的手段。要求單位正常經費按年度預算編制分月用款計劃，專項經費按一定的程序和規定，由政府采購中心統一辦理，會計核算中心直接將專項資金劃撥給供應商。由此實現了對單位預算執行全過程的管理，使單位的正常經費、專項經費以及各專項經費之間不再互相擠占、挪用，從而保證單位決算支出與年度預算基本一致，增強了預算約束力。
強化了財政監督。實行會計集中核算后，各單位的所有資金都通過統一的賬戶進出，提高了單位財務收支的透明度，用制度規范管理，堵塞了各種漏洞。如在受理各項會計業務工作中，對不符合規定的收支和憑證不予受理，或要求單位糾正、補辦手續等，使財政監督由事后轉變為事前、事中、事后并舉，使各單位遵紀守法意識明顯增強，超標準、不合理的開支明顯減少，白條子入賬現象基本消失。
提高了會計信息質量。會計核算中心是一個相對獨立的事業單位，由財政部門代管，使會計人員的人事權、考核權及業績評定權等從原單位分離出來，改變了以往會計人員“站得住的頂不住，頂得住的站不住”的被動局面，保障了會計人員能相對獨立地依法行使職權，敢于對會計資料的真實性、合法性、準確性和完整性負責。不僅提高了會計信息質量，也大大提高了工作效率，節約了行政成本。
發揮了財政資金使用效益。實行會計集中核算，資金的使用和核算相分離，取消了單位多頭開戶，從源頭上制止了財政性資金的亂支濫用。資金一次撥付到位，不再經過層層劃轉，杜絕了單位擅自改變資金用途以及貪污、截留、挪用等現象，較好地發揮了財政資金的使用效益。
面臨問題
預算編制與資金管理缺乏銜接。實行會計集中核算后，預算編制與執行雖然也進行了適當的調整，但與資金支出管理改革還不配套，在預算編制過程中還存在著不規范、批復不及時、年度預算調整頻繁等問題，對超預算或預算結余缺乏相應的制度約束，客觀上給會計集中核算增加了難度。
資金支付缺乏風險防范機制。在市場經濟條件下，一些事業單位為適應業務發展需要進行融資；有的行政單位也經常為本部門或下屬某項目工程進行擔保，一旦融資或擔保項目失敗，就需要以國庫資金償還，風險最終轉移到國家，情況嚴重的還會影響政府對宏觀經濟的調節。
集中核算網絡平臺尚不成熟。目前會計集中核算，只有依賴計算機信息系統的支持，才能對預算內外資金實行全過程控制，滿足對財務審查、往來結賬、報表匯總、多個單位的賬目并行及資金管理等方面的需求。同時，還必須解決財政部門和各預算單位之間，預算單位與各下屬單位之間，財政部門與政府采購部門及供應商之間，實時財務監控和數據交流，并做好數據安全工作。而目前的信息平臺與真正做到事前、事中和事后全方位監控尚有相當差距。
對策建議
加快預算會計制度的改革。實行會計集中核算后，財政支出與預算單位支出的核算方法發生了深刻變化。預算單位的改革應轉向預算編制、實物資產管理、備用金使用及管理辦法和報賬員崗位職責分工等；資金控制由現金管理向預算編制、預算申請計劃和實物資產管理過渡。會計核算中心的改革應轉向預算編制與審核（以各預算單位為基礎）、與政府采購部門的協調、資金支出計劃、實物資產總量控制、基本會計核算與業務流程規范等，擔負審批、核算、監控等全方位的責任。
改革預算編制方法。在實行部門預算、零基預算的基礎上，要進一步細化預算編制內容，詳細說明預算金額和支出標準。建議先將預算單位或部門支出按性質、用途，如設備購置、會務、房屋修繕、車輛購置等，分門別類地在總預算中單獨編制，不再搞條塊分割。其次根據有關的支出標準，按照零基預算的方法編制各項支出的具體內容，對經常性經費實行定員定額，對專項經費根據事業發展需要和財力可能，分輕重緩急予以安排。
強化預算執行。按照國際慣例，部門預算的各項收支要嚴格按標準編制，并經過財政部門審批，預算一經權力機關（如：人大常委會）審議通過，即具有法律效力，預算單位要嚴格執行，財務核算中心要從預算編制、下達、資金撥付到資金使用的全過程進行監督管理。
合理設置銀行賬戶。一是會計核算中心在央行開設預算內專戶、在商業銀行開設預算外資金專戶、在商業銀行開設財政專戶，以便用于與財政國庫、預算單位在代理行開設的財政零余額戶、單位零余額戶的清算。二是預算單位還應分別在代理商業銀行開設單位零余額戶、小額現金賬戶和其他資金賬戶。以便核算零星支出活動或非財政性資金的收入和支出，并用于財政單一賬戶體系的清算。
啟用新的結算憑證。實行會計集中核算后，與之相適應的是啟用新的結算憑證。一是啟用《財政直接支付匯總清算單》、《財政授權支付匯總清單》，用于代理行與央行國庫、財政國庫的資金清算。二是啟用《財政直接支付憑證》，用于預算單位支付工資支出、納入政府采購范圍的購買支出、工程支出等。三是啟用《財政授權支付憑證》，由預算單位在財政部門下達的授權支付用款額度內，支付除財政直接支付以外的購買支出；實行會計核算的預算單位，可由會計集中核算中心統一辦理。（中國財經報 2006-10-20）
