司法會計鑒定存在于很多的經濟案件中，其鑒定對象是訴訟涉及的財務會計問題。但在司法實踐中，經常出現以審計報告充當司法會計鑒定的情況。中國政法大學教授張方指出，現在北京的會計鑒定機構大都是會計師事務所，司法會計鑒定還沒有一個單獨的技術標準。

　　北京市律師協會會計審計法律委員會副主任王軍指出，我國司法會計鑒定方面目前存在的主要問題是，《全國人民代表大會常務委員會關于司法鑒定管理問題的決定》（下稱“《決定》”）沒有明確對司法會計鑒定機構和鑒定人實行登記管理，這意味著司法會計鑒定機構和鑒定人不需要向司法行政部門進行登記，有關部門無法對司法會計鑒定機構和鑒定人進行統一規范管理。偵查機關設立的司法會計鑒定機構和鑒定人也不受依據《決定》制定的《司法鑒定機構管理辦法》和《司法鑒定人登記管理辦法》的約束。

　　由于司法會計鑒定機構和鑒定人的資質沒有統一規范，這導致訴訟雙方在鑒定報告的合法性問題上發生較大的爭議。

　　在王軍律師看來，有關方面在進行司法會計鑒定時，普遍遇到兩個難點。一是沒有明確的規定指出鑒定機構和鑒定人應當具備怎樣的資質，這會影響鑒定報告的證明力，但這種情況可以通過制定補充規定得到解決。例如《決定》第二條第一款第四項指出，應當進行登記管理的鑒定事項還包括“根據訴訟需要由國務院司法行政部門商最高人民法院、最高人民檢察院確定的其他應當對鑒定人和鑒定機構實行登記管理的鑒定事項”。這可能會成為今后將司法會計鑒定明確納入登記管理的立法依據。二是在財務資料缺失特別是在原始憑證缺失的情況下，司法會計鑒定無法得出正確和準確的鑒定結論，只能退而尋求鑒定結論的相對正確和準確，但一份相對正確和準確的司法會計鑒定報告不容易成為法官定案的根據。

　　談到司法會計鑒定的發展前景時，王軍律師表示，司法會計鑒定的發展前景受三個因素的制約。一是缺乏司法會計鑒定機構和鑒定人的登記管理制度，這影響了司法會計鑒定行業的健康發展。二是通常強調鑒定人的財務審計技能，忽視鑒定人掌握相關法律的技能。

　　通曉財務審計和法律的鑒定人能夠使得鑒定結論更加符合委托機關的鑒定目的，否則，可能會造成鑒定結論與欲證明事實存在某些脫節，降低了鑒定報告的證明力。但前兩個因素對司法會計鑒定發展的影響是可以在短時間內消除的。三是偵查機關本身能夠自己進行司法會計偵查活動，在力量不足的情況下也可以聘請審計專業人員參與偵查，這種情況下，檢察機關未必依賴民間鑒定機構出具的司法會計鑒定報告。