事業單位不同于企業和政府，也與一般意義上的非政府組織（NGO）、民間非營利組織（NPO）有所不同。事業單位是由國家設立或其他組織利用國有資產設立的，以社會公益為目的的公共服務機構。

事業單位與企業的主要不同在于事業單位不以營利為組織存在的目的、沒有可分割的權益、也沒有對具體所有者的分紅或投資回報。因此，事業單位天然地缺乏企業那樣的股東或所有者基于利益而對組織的密切關注，也缺乏像企業所面臨的市場檢驗。對事業單位監管一般是由舉辦事業單位的政府部門或組織進行的，可以認為國家或舉辦單位是受公共利益的委托對事業單位進行監督管理，事業單位與舉辦者之外的利益相關者存在著較長的代理鏈條，監督管理具有間接性的特點。

事業單位與政府也不同。雖然事業單位與政府都是科層組織，具備科層組織的基本特性，但是事業單位往往也是專業組織，特別是對于教育、醫療、科研等行業的事業單位來說，專業組織的運行規律十分突出。這類組織中，專業權力與行政權力并行，單位的治理和管理面臨更為復雜的情況，存在著與政府規律的不同。事業單位可能設立下屬事業單位，要承擔對下屬事業單位的監督和管理；事業單位可能投資設立企業，需要對營利性組織進行監督和管理，并承擔保值增值的責任；有些事業單位（高校、科研院所）還會有科技成果轉化，科技成果轉化過程中對于無形資產的管理、處置、分配也具有一定的特殊性。

事業單位與民間非營利組織相同的是非營利性質，類似的是利益相關者特征明顯。所謂利益相關者特征，就是事業單位存在著廣泛的利益相關者，包括自身員工、服務對象、舉辦者、供應商、社會公眾等，這些利益相關者從不同角度都會對事業單位有期望、有要求，甚至可以說，事業單位的經濟行為選擇是不同利益相關者利益均衡的結果。既然是利益均衡的結果，這些經濟行為就有可能符合公共利益、也有可能不符合公共利益。但是，事業單位與民間非營利組織不同的是，事業單位作為政府舉辦的非營利機構，政府為事業單位提供資源、政策、權力，任命其管理者，定義其權限，影響其行為，政府是受公共利益委托行使監督管理職能的，也可以看作是事業單位最重要的利益相關者。

事業單位治理機構具有一定特殊性。雖然事業單位負責人都是上級部門任命的，但是事業單位治理機構的成員（黨委會、辦公會、院務會等）都是內部的，大多數成員也是內部產生的。因此，在事業單位治理中，需要避免過于從組織內部利益角度或被內部成員“綁架”來考慮問題、決策事項、執行業務、監督自我。

從事業單位的產品或服務的特征看，事業單位的主要產品可能是公共服務，很多具有公共品和準公共品的性質，這類公共服務或多或少存在著外部性問題，而存在外部性的服務傾向于供給不足。事業單位的公共服務中，又有一些產品（比如教育、科研成果）的效果具有長期性和隱蔽性，質量標準模糊、難以衡量，這種情況可能會導致對事業單位服務質量的監督困難。因此，公共服務數量供給不足和質量監督困難，與事業單位治理機構成員內部化特征“耦合”在一起，導致事業單位的決策可能與社會需要存在距離、甚至脫節，組織行為偏離社會公益目標，甚至偏離組織宗旨。需要重視的潛在問題有以下幾個方面：

1.營利動機過強。事業單位取得事業收入、經營收入，往往是利用其生產能力去服務社會和市場所賺得的收入來源，這類自籌收入的使用分配管理往往具有自主性和靈活性。如果事業單位不顧服務對象的反對做出提高服務收費的決策，就可能產生對收入合法性的質疑；如果收入中與副業相關的收入占比越來越大，那么收入結構就可能反映出偏離主業的問題；如果經營收入侵占公共服務能力和資源，就可能影響社會公共服務的數量和質量，等等。

2.不負責任的支出。雖然事業單位的預算需要上級部門批準，但是由于委托代理關系中存在著信息不對稱，上級部門不可能管也不可能管到所有的細節。如果事業單位過于關注自身利益或者迫于內部壓力，就有可能超過自身財力進行資源分配；支出結構不能聚焦主業、支持核心業務，而更多地支持可以“賺錢”的業務；支出效率和效果不符合社會期望、存在低效和浪費的問題。

3.過度負債行為。多年來，一些事業單位被曝出“形象工程”、勞民傷財；還有些事業單位的決策者不顧發展規律，好大喜功，短期行為明顯。這些巨額甚至竭澤而漁的投資會導致財務狀況惡化，影響單位的可持續發展。

事業單位的運行績效需要一定的法人自主權，而法人自主權是政府和舉辦單位授予的，因此，事業單位績效與環境有關，事業單位的利益相關者不同程度地影響著單位的績效。毫無疑問，在諸多利益相關者中，政府是最重要、也是對事業單位影響最大的利益相關者。政府扮演著三種角色：一是資源提供者，作為公共利益代表對事業單位進行投入；二是事業單位的舉辦者，對所舉辦的事業單位進行管理，或者參與事業單位的治理；三是社會管理者，對事業單位行為進行規范，事業單位的角色是社會活動的參與者，應當服從規范。由于存在著三重關系，事業單位的行為與政府行為之間就具有了高度的相關性。

有些公益二類事業單位（高校、醫院、科研院所等）往往是大型復雜的專業性組織。這類事業單位對外是一個機構，內部則劃分為若干業務單位和職能部門。這類事業單位所提供的產品或服務，部分地面對市場和社會，市場檢驗雖然不完整，但也可以是一種監督力量。從另一個角度說，這類單位服務社會的過程中，取得的收入也是對財政投入的重要補充。因此，應當支持這類單位接受市場檢驗、改進服務、多渠道籌集資金。如果簡單地“統收統支”，就會產生“搭便車”問題，既會造成嚴重的政府財政負擔，也會帶來嚴重的效率低下。因此，在這類大型事業單位，往往需要適當地劃分不同層級、不同目標的“核算單位”。這些經濟核算單位既有二級單位層級的院系、科室、部處、中心，也可以是更具體層級的項目。這些核算單位收入支出相對獨立，或者�？顚Ｓ�，涉及到核算單位之間的經濟業務，則采取“親兄弟、明算賬”的方式進行收支。比如：有些高校和醫院，對于使用水電的各個部門和單位收取水電費，對于占用房屋資源的部門和單位收取房屋資源調節費，對于使用公共實驗測試平臺的項目收取測試費、分析費，事業單位對于利用公共條件收取管理費、間接費等等。

《事業單位財務規則》（2012）規定“事業單位的財務活動在單位負責人的領導下，由單位財務部門統一管理�！� 事業單位治理機構雖然是高度內部化的，但是其產品和服務具有公共服務產品特征，許多經濟活動已經不是內部管理的事情，會涉及到內部和外部諸多利益相關者，越來越多地表現出參與性、協調性。因此，要在事業單位治理體系中體現內部與外部利益的平衡，需要外部監督更加嚴密，程序更加透明，決策的民主性和科學性要有保障，財務信息要通過年報等方式向社會公開，并及時全面回應社會問責�！妒聵I單位財務規則》需要將這些要求表達得更清楚。

近年來的科研“放管服”改革中，下放權力就意味著將經費分配、經費使用的自主權下放給從事創新科研類事業單位。對于高校、醫院、科研院所等事業單位，應當允許這些事業單位按照運行規律制定經費使用規則，并要求其經費使用行為應當“自恰”。在這些單位實施政府采購、國庫集中支付的過程中，應考慮事業單位業務的不同規律而進行適應性調整，增加靈活性。應當允許事業單位按照自身的規律開展收支，鼓勵事業單位適當積累。國家對于事業單位的審計監督既要有權威性，又要簡化和統籌各方面的審計，實現審計結果的共享。

《事業單位財務規則》（2012）規定“事業單位預算應當自求收支平衡，不得編制赤字預算�！睂τ谶@個要求的理解可能存在歧義。事業單位預算平衡不僅是收入與支出的平衡，更重要的是收入、結余使用和支出的平衡。這就要求事業單位在編制預算時：（1）如果結余使用為零，預算平衡就意味著當年支出不允許超過收入；（2）如果結余使用為負數，預算平衡就意味著支出不允許超過彌補了上年赤字的收入；（3）如果存在著舉債來源和支出，預算平衡就意味著在還款期內的每一年中，包含還本付息的支出不能超過收入加結余使用；（4）要求債務支出必須納入平衡，并要求舉債決策作為預算決策的重要內容。因此，要引導事業單位的經濟行為不竭澤而漁、不過度負債，取之有道、用之有度，物有所值、物盡其用。

《事業單位財務規則》（2012）規定“事業單位應當提高資產使用效率，按照國家有關規定實行資產共享、共用”，僅僅這一提倡性的條款還不夠，在實際工作中缺乏的是制度的保證和支持�！妒聵I單位財務規則》應當留有余地并與其他相關規章進行協調，對事業單位內部經濟核算的會計處理提出規范，對內部服務收費行為及原則予以確認，并支持內部經濟往來取得免稅政策。

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