問題內容：2008年之前，民辦非營利醫院免稅是依據財稅[2000]42號文，新的《中華人民共和國企業所得稅法》及《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》從2008年1月1日實施后，當地稅務部門說財稅[2000]42號文關于所得稅減免優惠便自動廢止，合資格的民辦非營利醫院都要納所得稅。問題1、財稅[2000]42號文有關稅收優惠(除營業稅外)現在是否有效？問題2、符合條件的民辦非營利醫院(指符合條件的醫療收入)是否免所得稅，依據是什么？問題3、醫院在稅法上分營利和非營利性質，全國的公立醫院(非營利)減免稅是依據什么法規或文件(當地地稅部門說《中華人民共和國企業所得稅法》和《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》及財稅[2009]122號文都沒有明確規定非營利醫院免征所得稅)問題4、新的《中華人民共和國營業稅暫行條例》是從2008年11月10號頒報，2009年1月1日實施的，國家財政部 國家稅務總局在2009年5月18日專門發文：財稅[2009]61號通知中二：部分廢止或失效的文件的第9點：財稅[2009]42號有關營利稅的規定，而財稅[2000]42號有關所得稅規定在《中華人民共和國企業所得稅法》及《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》從2008年1月1日實施至今，都沒有發什么文件廢止或失效，為什么有不同處理方法？是否從另一個側面說財稅[2009]42號仍然有效？問題5、現在全國各地對民辦非營利醫院在所得稅征收政策不統一：有的征，有的免，為什么稅務總局沒有統一的規定？

　　回復意見：根據《財政部、國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》(財稅[2008]1號)第五條規定，除《企業所得稅法》、《企業所得稅法實施條例》、《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》(國發[2007]39號)，《國務院關于經濟特區和上海浦東新區新設立高新技術企業實行過渡性稅收優惠的通知》(國發[2007]40號)及本通知規定的優惠政策以外，2008年1月1日之前實施的其他企業所得稅優惠政策一律廢止。各地區、各部門一律不得越權制定企業所得稅的優惠政策。原《財政部 國家稅務總局關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知》(財稅[2000]42號)未列入繼續有效的稅收政策范圍。

　　根據《財政部 國家稅務總局關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知》(財稅[2000]42號)規定，醫療機構需要書面向衛生行政主管部門申明其性質，按《醫療機構管理條例》進行設置審批和登記注冊，并由接受其登記注冊的衛生行政部門核定，在執業登記中注明“非營利性醫療機構”和“營利性醫療機構”。上述醫療機構具體包括：各級各類醫院、門診部(所)、社區衛生服務中心(站)、急救中心(站)、城鄉衛生院、護理院(所)、療養院、臨床檢驗中心等。從以上可以看出，非營利醫院實際上主要是公立醫院，實踐中“非營利性醫療機構”的認定存在不夠規范的問題。

　　實行新企業所得稅法后，根據《企業所得稅法》第二十六條、《企業所得稅法實施條例》第八十四條、第八十五條、《財政部、國家稅務總局關于非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》(財稅[2009]122號)、《財政部、國家稅務總局關于非營利組織免稅資格認定管理有關問題的通知》(財稅[2009]123號)等規定，非營利組織的下列收入為免稅收入：一是接受其他單位或者個人捐贈的收入;二是除《企業所得稅法》第七條規定的財政撥款以外的其他政府補助收入，但不包括因政府購買服務取得的收入;三是按照省級以上民政、財政部門規定收取的會費;四是不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入;五是財政部、國家稅務總局規定的其他收入。民辦非營利醫院經有關部門認定為非營利組織后，可以按以上規定享受非營利組織的有關稅收政策。