工程設計階段。對工程設計內容界定不明確，特別是技術改造項目，將不需重新設計的折舊設備及設施的造價計入工程成本，從而使設計費用過高。另一方面，設計深度達不到甲方要求，要么投資失控，要么技術達不到實際要求。

　　工程施工前期。第一，工程招標時沒有按招標程序公開招標，采用雙方私下議標方式，雖然該方式可以為甲方節約招標費用，但由于沒有優選施工單位，施工期間施工單位可能先答應甲方的一切苛刻條件，并想方設法把工程攬到手，然后在施工期間通過費用索賠或結算糾紛獲利。第二，關于合同協議內容，目前國家建設部和國家工商總局已聯合制定了建設工程施工合同示范文本，但許多業主素質不高，合同協議條款不嚴密，或與國家法律、法令、條例、技術規范、圖紙等相違背，或約定的權利和義務不明確，為日后經濟糾紛埋下種子。第三，建設單位任意指定分包單位，但又不以合同形式明確總包單位與分包單位的權利與義務。第四，在資金方面，施工準備期內，乙方為攬到工程，會提出一些優惠條件，如帶資或墊資承包，結算時又提出利息問題。

　　工程施工階段

　　第一，工程施工過程中工程量的變更。在施工中，如遇到不利的自然條件和人為障礙，就要增加處理人為障礙的人工、材料和機械費用等。另外，如果一項工程由多家施工，那么就會帶來施工配合費用及交叉施工的問題。

　　第二，有關施工材料方面。如施工中實際用料的數量與質量，與設計料表出入較大，而雙方又沒有及時溝通，導致結算糾紛；或者施工材料的采購與保管，雙方未達成一致，其保管費用引起糾紛。

　　第三，甲方的特殊要求，如合同以外的檢查、試驗、加快工程進度、提前占用工程等，引起雙方的糾紛。

　　第四，在工程驗收階段，由于施工工程質量缺陷，如屋面防水不好、引起滲漏等起糾紛。

　　工程竣工期。施工單位高估冒算，建設單位片面壓價引起同一工程結算價差異較大；工程結算方式，按形象進度結算，存在一定的主觀性，容易引起糾紛。

　　減少糾紛靠管理

　　加強設計環節管理。首先，甲乙雙方要加強工程技術方案的溝通，明確雙方的責任、義務。第二，對設計單位嚴格推行限額設計，一方面要求設計人員加強工程技術經濟分析，在限定的投資條件下，優化設計；另一方面以人為本，提高設計人員素質，加大設計深度，力求最大限度使建設方滿意。

　　加強合同履行管理。簽訂協議盡量采用合同示范文體，對附加條款要仔細推敲，并請有關專家指導；妥善處理合同變更問題。

　　加強施工各階段管理。首先要求施工管理人員及預算審定人員要深入現場掌握第一手資料。其次要求施工方在建設方的變更指令下進行施工，然后雙方要簽定新的協議，以免發生爭端。對施工中乙方自購的材料，必須經甲方進行質量認可，避免結算糾份。對隱蔽工程加強檢查，完善隱蔽工程現場簽證手續。

　　加強審查管理。竣工結算時，切實本著實事求是的態度，深入細致進行工程施工預算審查。對工程量不重不漏，依據施工組織設計，深入施工現場，實地核實工程量；定額套項合理，基價換算正確，費用計取要與企業資質證書、核定工程類別相符等。