入境船舶報檢時，船方或其代理人應當在船舶預計抵達口岸24小時前(航程不足24小時的，在駛離上一口岸時)向入境口岸檢驗檢疫機構報檢，填報入境檢疫申請表，并將船舶在航行中發現檢疫傳染病、疑似檢疫傳染病，或者有人非因意外傷害而死亡且死因不明的情況，立即向入境口岸檢驗檢疫機構報告。

船方或其代理人應向檢驗檢疫機構提供以下資料：《航海健康申報書》、《總申報單》、《貨物申報單》、《船員名單》、《旅客名單》、《船用物品申報單》、《壓艙水報告單》及載貨清單，并應檢驗檢疫人員的要求提交《船舶免于衛生控制措施證書/衛生控制措施證書》、《交通工具衛生證書》、《預防接種證書》、《健康證書》以及《航海日志》等有關資料。

根據《中華人民共和國國境衛生檢疫法》的規定，受入境檢疫的船舶，必須按照規定懸掛檢疫信號，在衛生檢疫機關發給入境檢疫證前，不得降下檢疫信號。白天入境時，在船舶的明顯處懸掛國際通語檢疫信號旗：“Q”字旗，表示本船沒有染疫，請發給入境檢疫證;“QQ”字旗，表示本船有染疫或有染疫嫌疑，請即刻實施檢疫。夜間入境時，在船舶的明顯處垂直懸掛下列燈號：紅燈三盞，表示本船沒有染疫，請發給入境檢疫證;紅紅白紅燈四盞，表示本船有染疫或染疫嫌疑，請即刻實施檢疫。