最早應用檢疫是在1403年，當時的威尼斯共和國規定，凡從國外駛抵威尼斯港口的船只，必須強制在港外停泊40天，以便檢查船上人員是否感染有威脅人們生命的黑死病、霍亂、鼠疫等傳染性疾病。1929年，在意大利羅馬產生了“國際植物保護公約(羅馬)”(IPPC公約)，促進了國際間植物檢疫工作的開展。此后，世界各國先后建立了植物檢疫制度。WTO的SPS協議將IPPC作為植物衛生標準，使得IPPC在SPS協議中具有十分重要的地位，為了更加有效地開展工作，聯合國糧農組織(FAO)于1992年建立了IPPC秘書處。從20世紀90年代開始，IPPC秘書處和各國植保組織開始制定“植物檢疫措施國際標準(ISPMs)，”，現已制定27個國際植物檢疫措施標準。ISPMs是協調貿易伙伴之間的植物保護規則，貿易伙伴共同遵守ISPMs，并以其為依據來解決國際貿易中的植物衛生檢疫爭端。1991年我國正式頒布了《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》，1996年國務院發布了《中華人民共和國進出境動植物檢疫法實施條例》。我國現行的《農業法》、《森林法》、《野生植物保護條例》等多部法律、法規中都有涉及對外來物種的管理的具體條文。