第一節進出境集裝箱檢驗檢疫
　　一、 入境集裝箱
　　（一）范圍及范圍：
　　1、所有進出境集裝箱都實施衛生檢疫裝載過動植物及其產品、其他檢驗物的，來自疫區的不管所裝何物，均動植物檢疫
　　2、入境前/時，必須向入境口岸檢驗檢疫機構報檢。
　　（二）轉關分流
　　入境報檢僅檢查集裝箱外表，作必要的衛生處理；然后辦理調離和簽封手續，同時通知指運地商檢。
　　（三）空箱；或裝載非“法檢”貨物的集裝箱
　　1、單據：《出/入境集裝箱報檢單》、集裝箱號碼（規格、數量、到達/口岸離開時間、目的地）、/其他資料（貨物的種類、數量、包裝材料）。
　　2、報檢后，首先做必要的檢驗檢疫；然后視情對不需要衛生除害處理的，出具《集裝箱檢驗檢疫結果單》；對需要衛生除害處理的，簽發《檢驗檢疫處理通知書》，完成處理后，出具《熏蒸/消毒證書》。
　　（四）裝載“法檢”貨物的集裝箱
　　1、單據：《入境貨物報檢單》、集裝箱號碼（規格、數量、到達/口岸離開時間、目的地）、其他資料（貨物的種類、數量、包裝材料）
　　2、集裝箱和貨物一次性報檢、一并檢驗檢疫、一并出具《入境貨物通關單》；
　　需要衛生除害處理的，簽發《檢驗檢疫處理通知書》，處理完成后出具《熏蒸/消毒證書》；
　　裝運廢物原料的，必須在口岸檢驗檢疫，符合環保規定，簽發“檢驗檢疫情況通知單”；不符合，簽發“環保安全證書”，并移交海關、環保處理。
　　3、如轉關，程序同（二）。
　　二、出境集裝箱
　　（一）范圍：
　　所有集裝箱都實施衛生檢疫；
　　裝載動植物及其產品、其他檢疫物的，施行動植物檢疫；
　　準裝易腐爛變質食品、冷凍品的集裝箱，均實施適載檢驗；
　　輸入國有要求的，按要求施檢。
　　（二）時限、地點及單據：
　　1、出境前或出境時，必須報檢。
　　2、報檢時，如與貨物不能一同報檢，應單獨填寫《出/入境集裝箱報檢單》報檢。
　　3、集裝箱檢驗檢疫有效期限21天，超過則重檢。
　　（三）出境集裝箱的檢驗檢疫
　　1、檢疫畢，不需衛生除害處理的，可出具《集裝箱檢驗檢疫結果單》；需要，則出具《檢驗檢疫處理通知書》，完成除害處理，出具《熏蒸/消毒證書》。出境口岸憑《結果單》或《熏蒸/消毒證書放行》。
　　2、集裝箱檢驗檢疫有效期限21天，超過則重檢。
　　（四）新造空箱出境
　　1、不使用木地板的新造空箱，出口時不施檢。
　　2、使用木地板的新造空箱：
　　a、進口木地板，進口時附有用澳洲檢驗檢疫機構認可標準作的“永久性免疫處理證書”，并經我檢驗檢疫合格，則憑合格證書直接放行；無我檢驗合格證書則需，則出境需檢驗檢疫。
　　b、國產木地板，有澳洲檢驗檢疫機構認可標準作的“永久性免疫處理證書”，憑證書直接放行。無，則需出境檢驗檢疫。
　　三、出入境衛生除害處理的范圍：
　　1、來自檢疫或監測傳染病區的；
　　2、被傳染病污染或可能傳播傳染病的；
　　3、攜有與人類健康有關的病媒昆蟲或嚙齒動物的；
　　4、檢疫發現有國家公布的一、二類動物傳染病、寄生蟲名錄或植物危險性病、蟲、雜草名錄中所列病蟲害，能對農林牧漁業有嚴重危害的其他病蟲害的；發現超過規定標準的一般性病蟲害的。
　　5、裝載廢舊物品或腐敗變質有礙公共衛生物品的；
　　6、裝載實體、棺柩、骨灰扽特殊物品的；
　　7、輸入國需要做衛生除害處理的；等等。第二節出入境交通運輸工具的衛生檢疫
　　一、出入境船舶
　　（一）入境衛生檢疫申報
　　1、申報：
　　a、入境船舶在抵達口岸24小時前，向入境口岸申報。（不足24小時，駛離上一口岸即申報）
　　b、航行中發現檢疫傳染病、疑似檢疫傳染病，或有人非因意外傷害而死亡且死亡原因不明的，及時報告入境口岸。
　　c、入境時至檢疫畢發放證書止，這段時間必須懸掛檢疫信號：
　　白天信號旗：Q旗，本船沒染疫；QQ有染疫或染疫嫌疑，請即刻施檢
　　夜間信號燈：紅燈三盞，無染疫；紅紅白紅四盞，表示有染疫或染疫嫌疑，請即刻施檢
　　2、單據：
　　a、《航海健康申報書》
　　b、《除鼠/免于除鼠證書》
　　c、《食品、飲用水、壓艙水清單》
　　d、《國際預防接種證書》
　　e、《國際旅行健康檢查證明書》
　　3、檢疫地點：
　　錨地或檢驗檢疫機構指定地點。
　　4、檢疫方式：
　　a、錨地檢疫：來自檢疫傳染病疫區的；有檢疫傳染病人、疑似傳染病人或有人因意外死亡而死因不明的；發現有嚙齒動物異常死亡的；《除鼠或免于除鼠證書》失效的；裝載或動物的；沒有申報下述三種檢疫的。
　　b、隨航檢疫：旅游創、軍事船、要人訪問乘船等特殊船舶，遇有特殊情況如有病人需要救治、特殊物資急需裝卸、船舶急需搶修等，可申請。
　　c、靠泊檢疫：未持我簽發有效的《交通工具衛生證書》，且無應實施錨地檢疫所列情況，或因天氣、潮水等原因無法實施錨地檢疫的船舶，可申請。
　　d、電子檢疫：持我有效《交通工具衛生證書》，且無應實施錨地檢疫所列情況的船舶，可申請。
　　特別要求：抵港前24小時，必須持有效《交通工具衛生證書》由船舶公司或船代向港口或錨地檢驗機構機構以電報形式報告。
　　5、檢驗檢疫：
　　無染疫，出具《船舶入境衛生檢疫證》；否則衛生處理，完畢出具《船舶入境檢疫證》。
　　（二）出境衛生檢疫申報
　　最后出境港，離境前4小時內，申報檢疫。簽發《交通工具出境衛生檢疫證書》。
　　二、出入境航空器
　　（一）入境飛機檢疫申報：
　　1、來自非疫區，且在飛行中未發現檢疫傳染病、疑似檢疫傳染病、或有人非因意外傷害而死并死因不明的，可由地面航空戰以電訊方式申報檢疫。
　　可以載有病人或途中有人生病或死亡；但須申報疾病名稱、癥狀、人數或死因。
　　2、否則，由入境空港地面站申請檢疫檢疫。然后視情登機檢疫并作衛生處理；此前不得擅自上下人。
　　來自黃熱疫區的，必須出示“滅蚊證書”。
　　（二）飛機出境檢疫：略，簽發《交通工具出境衛生檢疫證書》。
　　三、出入境列車、其他車輛的檢疫申報：檢疫完畢簽發《運輸工具檢疫證書》 第三節出入境交通運輸工具的動植物檢疫
　　一、入境運輸工具
　　（一）來自疫區的入境運輸工具
　　1、動植物疫區的確定：根據農業部《進境動物一、二類傳染病、寄生蟲病名錄》、《進境植物檢疫危險性病、蟲、雜草名錄》，由質檢總局結合國情確定。
　　2、來自疫區的必須動植物檢疫，不論是否裝載動植物、產品或其他檢疫物。檢疫合格方準起卸貨物。
　　3、視檢疫合格和衛生處理合格而分別簽發《運輸工具檢疫證書》、《運輸工具檢疫處理證書》。
　　（二）裝載入境動物的運輸工具
　　不管是否來自動物疫區，第一時間檢疫并作防疫消毒、除害處理，任何人不得上下、接觸所載動物、動物產品及隨同貨物、物品等。
　　（三）入境車輛
　　來自疫區，不管機動與否，入境口岸消毒防疫。
　　（四）入境供拆解的廢舊船舶、入境修理船舶
　　一律入境口岸施檢：消毒熏蒸(船舶)或銷毀(所載動植物及其產品)。
　　二、出境運輸工具
　　檢疫合格，裝運；否則，口岸消毒——簽發《運輸工具檢疫處理證書》——裝運。證書只限本次使用。
　　三、裝載動植物和動植物產品的過境運輸工具
　　1、過境運輸工具、裝載容器必須密閉，否則不準過境；過境動物的尸體、排泄物、鋪墊材料及其它廢棄物，不得擅自拋棄；過境期間未經商檢批準不準拆包或卸貨。出境時，不再檢疫。
　　2、抵達口岸，運輸工具、裝載容器外表首先做消毒處理；裝載動植物必須檢驗檢疫合格，方準過境。