明確診斷口腔念珠菌病，除依靠病史和臨床表現外，還需要實驗室檢查證實損害組織中存在病原菌。念珠菌實驗室檢測方法包括涂片法、分離培養、組織病理學檢查、免疫學和基因診斷等。一般來說，臨床上常用的方法是前三種。

　　1.涂片法

　　只能發現真菌而不能確定菌種，對于口腔黏膜干燥的患者陽性率也較低。

　　2.培養法

　　將標本接種于沙氏培養基，經3～4日后，形成乳白色圓形突起的菌落。若接種在玉米瓊脂培養基上，則菌落發育更旺盛，中心隆起。鏡檢若查見厚壁孢子，可確診為白色念珠菌。

　　3.免疫法

　　用間接免疫熒光法測定血清和非刺激性混合唾液的抗念珠菌熒光抗體。因存在較強的免疫交叉反應性，醫學教育|網搜集整理故假陽性率（誤檢率）較高。

　　4.活檢法

　　對于慢性或肥厚性損害可進行活檢，將組織切片用PAS染色，鏡下可見增生的口腔黏膜上皮細胞間有芽生孢子和菌絲。

　　5.基因診斷

　　近年來，分子水平的研究使得對念珠菌的認識突破表型鑒定的局限，應用基因分型方法對念珠菌進行種間鑒別和種內分型，為臨床診斷和流行病學研究提供了更能反映物種本質的工具。