非正常損失涉及增值稅和企業所得稅兩個方面的稅務處理。《增值稅暫行條例》規定，非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務，非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。《增值稅暫行條例實施細則》明確，非正常損失是因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質等損失。《企業所得稅法》規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的損失支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。《企業所得稅法實施條例》明確，損失是指企業在生產經營活動中發生的固定資產和存貨的盤虧、毀損、報廢損失，轉讓財產損失，呆賬損失，壞賬損失，自然災害等不可抗力因素造成的損失以及其他損失。 

　　一、非正常損失的認定 

　　非正常損失涉及增值稅進項稅額抵扣的處理，非正常損失的認定也是一件頗有爭議的事情。

　　例如，對某塑料公司生產過程中的產品報廢和某書店滯銷書的報廢，有人認為屬于非正常損失，要求企業作進項稅額轉出處理，而有人則認為屬于正常損失，轉出進項稅額不妥當。理由是塑料公司的產品報廢，屬生產經營過程中的正常損耗，書店書本的報廢是因為滯銷，都不屬于因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失。

　　對此，《國家稅務總局關于企業改制中資產評估減值發生的流動資產損失進項稅額抵扣問題的批復》（國稅函〔2002〕1103號）明確，原《增值稅暫行條例實施細則》規定“非正常損失是指生產、經營過程中正常損耗外的損失”，對于企業由于資產評估減值而發生流動資產損失，如果流動資產未丟失或損壞，只是由于市場發生變化，價格降低，價值量減少，則不屬于《增值稅暫行條例實施細則》中規定的非正常損失，不作進項稅額轉出處理。

　　實務操作中，納稅人在遇到貨物損失時應區別對待，而不是全部作進項稅額轉出處理。比如，實施細則明確非正常損失為管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質等損失，而自然災害也會造成貨物霉爛變質。那么，這種霉爛變質到底屬于正常損失還是屬于非正常損失呢？這種情況下，企業應保留相關證據，或由中介機構出具貨物損失鑒證，這樣才能確保非正常損失的真實性，稅務機關才能相信和認可。 

　　在企業所得稅處理中，沒有上述的復雜性，不區分正常損失與非正常損失，只要是與生產經營有關的、合理的損失均可在稅前扣除。 

　　二、非正常損失的申報時限 

　　非正常損失既涉及增值稅進項稅額抵扣的處理，又涉及企業所得稅稅前扣除的處理，納稅人應注意其相關時限。增值稅方面，企業在納稅申報時，非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務不能抵扣進項稅額，如果已經抵扣，應立即作進項稅額轉出處理。企業所得稅方面，《企業資產損失稅前扣除管理辦法》（國稅發〔2009〕88號）明確，稅務機關受理企業當年的資產損失審批申請的截止日為本年度終了后第45日。企業因特殊原因不能按時申請審批的，經負責審批的稅務機關同意后可適當延期申請。 

　　在實際操作中，企業應把握好損失確認的時限。例如，在資產損失中，因人為管理責任毀損、被盜、政策因素造成損失等，存在一個認定的過程；發生改組等評估損失，需要等待評估結果的出現；永久實質性損害需要特別的鑒定等，都需要一定的時間。同時，企業還應按時確認損失。

　　例如，食品和藥品等有明確保質期的，按照相關法規規定其損失年度為保質期到期日；企業改組的評估損失，有明確改組期的，其損失確認年度為評估基準日；國有企業財產損失需要進行報批，其損失確認年度為相關的批準日所屬年度。假如，某納稅人2008年資產損失為50萬元，政策規定需稅務機關審核才能在稅前扣除，如果該納稅人在2009年2月15日前，既沒有向稅務機關申請審批，也沒有提出延期報批申請，則其50萬元的資產損失不能在稅前扣除，納稅人將為此多繳納企業所得稅12.5萬元。 

　　三、非正常損失的稅務處理 

　　增值稅方面，非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務不能抵扣進項稅額，如果已經抵扣，則要作進項稅額轉出處理。例如，某企業倉庫被盜，損失購進材料20萬元，已經抵扣進項稅額。則應轉出進項稅額=20×17%=3.4（萬元）。企業所得稅方面，與生產經營有關的、合理的損失可以在稅前扣除。例如，某納稅人2008年實現利潤1600萬元，資產損失200萬元，責任人賠償20萬元，則資產損失稅前扣除金額=200-20=180（萬元），應納企業所得稅=（1600-180）×25%=355（萬元）。