目前，出口企業(yè)支付國(guó)際海運(yùn)費(fèi)用有兩種情況：一是支付給貨物運(yùn)輸代理公司，這是實(shí)務(wù)中最常見的方式；一是直接支付給從事國(guó)際遠(yuǎn)洋運(yùn)輸?shù)墓�司，一般不多見�！盃I(yíng)改增”后，出口貨物支付的國(guó)際運(yùn)輸費(fèi)用能否抵扣存在爭(zhēng)議。筆者認(rèn)為，能否抵扣要根據(jù)費(fèi)用收取方及開具的發(fā)票情況來判斷。
　　第一種取得的由貨物運(yùn)輸代理公司開具的名為代理海運(yùn)費(fèi)的增值稅專用發(fā)票可以抵扣。相關(guān)企業(yè)財(cái)務(wù)人員甚至部分稅務(wù)干部對(duì)于貨物運(yùn)輸代理公司開具的名為“代理海運(yùn)費(fèi)”的增值稅專用發(fā)票能否抵扣存有疑義，實(shí)際是源于慣性思維�！秶�(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人支付的貨物運(yùn)輸代理費(fèi)用不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的批復(fù)》（國(guó)稅函〔2005〕54號(hào)）規(guī)定，國(guó)際貨物運(yùn)輸代理業(yè)務(wù)是國(guó)際貨運(yùn)代理企業(yè)作為委托方和承運(yùn)單位的中介人，受托辦理國(guó)際貨物運(yùn)輸和相關(guān)事宜并收取中介報(bào)酬的業(yè)務(wù)。因此，增值稅一般納稅人支付的國(guó)際貨物運(yùn)輸代理費(fèi)用，不得作為運(yùn)輸費(fèi)用抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。提醒大家注意的是，國(guó)稅函〔2005〕54號(hào)文中提到的是“不得作為運(yùn)輸費(fèi)用抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額”。
　　“營(yíng)改增”后，貨物運(yùn)輸代理公司與從事國(guó)際遠(yuǎn)洋運(yùn)輸?shù)墓�司增值稅�?jì)稅方法不同，開具的發(fā)票也不同�！敦�(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于在上海市開展交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅的通知》（財(cái)稅〔2011〕111號(hào)，注：自2013年8月1日起廢止）對(duì)貨物運(yùn)輸代理服務(wù)進(jìn)行了詳細(xì)界定，自2013年8月1日起執(zhí)行的《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于在全國(guó)開展交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅稅收政策的通知》（財(cái)稅〔2013〕37號(hào)），其附件1《交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅實(shí)施辦法》第十二條第三款規(guī)定，提供現(xiàn)代服務(wù)業(yè)服務(wù)（有形動(dòng)產(chǎn)租賃服務(wù)除外），稅率為6%。第十三條規(guī)定，增值稅征收率為3%。在應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋中規(guī)定，貨物運(yùn)輸代理服務(wù)屬于“部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)”中的“物流輔助服務(wù)”，并對(duì)貨物運(yùn)輸代理服務(wù)進(jìn)行了更全面的定義。即接受貨物收貨人、發(fā)貨人、船舶所有人、船舶承租人或船舶經(jīng)營(yíng)人的委托，以委托人的名義或者以自己的名義，在不直接提供貨物運(yùn)輸服務(wù)的情況下，為委托人辦理貨物運(yùn)輸、船舶進(jìn)出港口、聯(lián)系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關(guān)業(yè)務(wù)手續(xù)的業(yè)務(wù)活動(dòng)。既然貨物運(yùn)輸代理服務(wù)是應(yīng)稅服務(wù)，增值稅的計(jì)算方法包括一般計(jì)稅方法和簡(jiǎn)易計(jì)算方法，并可以開具增值稅專用發(fā)票，只要認(rèn)證比對(duì)無誤就可以抵扣。
案例1
　　某公司2013年8月出口一批燈具，報(bào)關(guān)單上顯示成本加運(yùn)費(fèi)價(jià)（C&F）為20000美元，其中海運(yùn)費(fèi)200美元，匯率為1：6.4，運(yùn)費(fèi)取得貨代公司開具的增值稅專用發(fā)票（金額為1207.55元，稅額為72.45元）已通過銀行付款，發(fā)票認(rèn)證比對(duì)無誤，8月作如下會(huì)計(jì)處理：
借：其他應(yīng)付款 1207.55
應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額） 72.45
貸：銀行存款 1280
借：應(yīng)收賬款 128000
貸：主營(yíng)業(yè)務(wù)收入 126792.45
其他應(yīng)付款 1207.55。
公司賬上確認(rèn)的出口收入是126792.45元。在出口退稅申報(bào)時(shí)，由于應(yīng)按離岸價(jià)（FOB）申報(bào)，公司在出口退稅申報(bào)表申報(bào)出口收入20000×6.4－1207.55＝126792.45（元）。
　　第二種取得的由從事國(guó)際遠(yuǎn)洋運(yùn)輸?shù)墓�司開具的名為海運(yùn)費(fèi)的發(fā)票不存在抵扣的問題。自2013年8月1日起執(zhí)行的財(cái)稅〔2013〕37號(hào)文件附件4《應(yīng)稅服務(wù)適用增值稅零稅率和免稅政策的規(guī)定》第一條規(guī)定，中華人民共和國(guó)境內(nèi)（以下稱境內(nèi)）的單位和個(gè)人提供的國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)、向境外單位提供的研發(fā)服務(wù)和設(shè)計(jì)服務(wù)，適用增值稅零稅率。第四條規(guī)定，境內(nèi)的單位和個(gè)人提供適用零稅率的應(yīng)稅服務(wù)，如果屬于適用增值稅一般計(jì)稅方法的，實(shí)行免抵退稅辦法，退稅率為其按照實(shí)施辦法第十二條第（一）至（三）項(xiàng)規(guī)定適用的增值稅稅率；如果屬于適用簡(jiǎn)易計(jì)稅方法的，實(shí)行免征增值稅辦法。外貿(mào)企業(yè)兼營(yíng)適用零稅率應(yīng)稅服務(wù)的，統(tǒng)一實(shí)行免退稅辦法。既然適用免抵退稅或免征增值稅辦法，自然無法開具增值稅專用發(fā)票，因此，從事國(guó)際遠(yuǎn)洋運(yùn)輸業(yè)務(wù)的公司開具的海運(yùn)費(fèi)發(fā)票，不存在抵扣的問題。
案例2
　　某公司2013年8月出口一批燈具，報(bào)關(guān)單上顯示C&F價(jià)為20000美元，其中海運(yùn)費(fèi)200美元，匯率為1：6.4，取得從事國(guó)際遠(yuǎn)洋運(yùn)輸業(yè)務(wù)的公司開具名為海運(yùn)費(fèi)的普通發(fā)票，已通過銀行付款。8月作如下會(huì)計(jì)處理：
借：其他應(yīng)付款 1280
貸：銀行存款 1280
借：應(yīng)收賬款 128000
貸：主營(yíng)業(yè)務(wù)收入 126720
其他應(yīng)付款 1280。
　　公司賬上確認(rèn)的出口收入是126720元。在出口退稅申報(bào)時(shí)，由于應(yīng)按FOB價(jià)申報(bào)，公司在出口退稅申報(bào)表申報(bào)出口收入（20000－200）×6.4＝126720（元）。