企業(yè)合并是指被合并企業(yè)（指一家或多家不需要經(jīng)過法律清算程序而解散的企業(yè)）將其全部資產(chǎn)和負債轉(zhuǎn)讓給另一家現(xiàn)存或新設(shè)企業(yè)（以下簡稱合并企業(yè)），為其股東換取合并企業(yè)的股權(quán)或其他財產(chǎn)，實現(xiàn)兩個或兩個以上企業(yè)的依法合并為一個企業(yè)的法律行為。合并可以采取吸收合并和新設(shè)合并兩種形式。吸收合并是指兩個以上的企業(yè)合并時，其中一個企業(yè)吸收了其他企業(yè)而存續(xù)（對此類企業(yè)以下簡稱“存續(xù)企業(yè)”），被吸收的企業(yè)解散。吸收合并可以用下列關(guān)系式表示：A（不含B）＋B=A（包含B），其中為A企業(yè)吸收B企業(yè)，B企業(yè)解散。新設(shè)合并是指兩個以上企業(yè)并為一個新企業(yè)，合并各方解散。新設(shè)合并可以用下列關(guān)系式表示：A＋B=C，其中為A企業(yè)與B企業(yè)合并成立C企業(yè)，A、B企業(yè)解散。
　　同樣，被合并企業(yè)在合并中要將資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓過渡給合并企業(yè)，其資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓價與賬面價值之間存在差額，對這部分差額如何征稅，是需要稅法予以界定。國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)合并分立業(yè)務(wù)有關(guān)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)〔2000〕119號）規(guī)定，企業(yè)合并，通常情況下，被合并企業(yè)應(yīng)視為按公允價值轉(zhuǎn)讓、處置全部資產(chǎn)，計算資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得，依法繳納所得稅。被合并企業(yè)以前年度的虧損，不得結(jié)轉(zhuǎn)到合并企業(yè)彌補。合并企業(yè)接受被合并企業(yè)的有關(guān)資產(chǎn)，計稅時可以按經(jīng)評估確認的價值確定成本。被合并企業(yè)的股東取得合并企業(yè)的股權(quán)視為清算分配。
　　舉例：A公司由于所購置的生產(chǎn)設(shè)備落后陳舊等原因，經(jīng)營效益一直不好，又不愿再投入新的資金，公司股東打算將公司轉(zhuǎn)讓或讓其他企業(yè)兼并。經(jīng)評估，A公司現(xiàn)有賬面凈資產(chǎn)200萬元，公允價值500萬元。現(xiàn)B公司欲兼并A公司，B公司正在考慮采用兩種方式兼并：支付現(xiàn)金收購合并和支付股權(quán)收購兼并。那么，兩種方法有什么區(qū)別呢？
　　假如采取支付現(xiàn)金500萬元給A公司股東的方式合并，則A公司股東不在B公司享有任何權(quán)益，A公司需要確認資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得300萬元（500－200），并要按規(guī)定繳納企業(yè)所得稅99萬元（300×33%）。
　　如果B公司采取支付自己的股權(quán)給A公司股東的方式實現(xiàn)合并的話，則稅收處理就不同了。A公司解散時，可以不必確認資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得300萬元，不需要繳納企業(yè)所得稅，我們稱之為“免稅合并”。國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)合并分立業(yè)務(wù)有關(guān)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)〔2000〕119號）規(guī)定，合并企業(yè)支付給被合并企業(yè)或其股東的收購價款中，除合并企業(yè)股權(quán)以外的現(xiàn)金、有價證券和其他資產(chǎn)（以下簡稱非股權(quán)支付額），不高于所支付的股權(quán)票面價值（或支付的股本的賬面價值）20%的，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審核確認，當事各方可選擇按下列規(guī)定進行所得稅處理：
　　（1）被合并企業(yè)不確認全部資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失，不計算繳納所得稅。被合并企業(yè)合并以前的全部企業(yè)所得稅納稅事項由合并企業(yè)承擔(dān)，以前年度的虧損，如果未超過法定彌補期限，可由合并企業(yè)繼續(xù)按規(guī)定用以后年度實現(xiàn)的與被合并企業(yè)資產(chǎn)相關(guān)的所得彌補。具體按下列公式計算：某一納稅年度可彌補被合并企業(yè)虧損的所得額＝合并企業(yè)某一納稅年度未彌補虧損前的所得額×（被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值÷合并后合并企業(yè)全部凈資產(chǎn)公允價值）。
　　（2）被合并企業(yè)的股東以其持有的原被合并企業(yè)的股權(quán)（以下簡稱舊股）交換合并企業(yè)的股權(quán)（以下簡稱新股），不視為出售舊股購買新股處理。被合并企業(yè)的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎(chǔ)確定。但未交換新股的被合并企業(yè)的股東取得的全部非股權(quán)支付額，應(yīng)視為其持有的舊股的轉(zhuǎn)讓收入，按規(guī)定計算確認財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失，依法繳納所得稅。
　　（3）合并企業(yè)接受被合并企業(yè)全部資產(chǎn)的計稅成本，須以被合并企業(yè)原賬面凈值為基礎(chǔ)確定。
　　分析上述規(guī)定可以發(fā)現(xiàn)，此中的“免稅合并”實際上是暫時不納稅，并不是真正意義上的免稅。因為“被合并企業(yè)的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎(chǔ)確定”。同時，“合并企業(yè)接受被合并企業(yè)全部資產(chǎn)的計稅成本，須以被合并企業(yè)原賬面凈值為基礎(chǔ)確定”，即B公司接受A公司的資產(chǎn)必須以賬面凈值200萬元作為計稅基礎(chǔ)，結(jié)轉(zhuǎn)成本或折舊攤銷。
　　需要注意的是，“免稅合并”中設(shè)定了一個非股權(quán)支付額不能超過股權(quán)面值20%的比例，如果存在20%以下的非股權(quán)支付額的話，“未交換新股的被合并企業(yè)的股東取得的全部非股權(quán)支付額，應(yīng)視為其持有的舊股的轉(zhuǎn)讓收入，按規(guī)定計算確認財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失，依法繳納所得稅”。
　　假如，被合并公司A公司法人股東原持有A公司投資成本為45萬元。在合并中，換取取得合并公司B公司的股權(quán)支付60萬元（面值），并另外取得現(xiàn)金10萬元。
　　分析：股東取得的全部交換價值為70萬元（600000＋100000），所放棄的舊股計稅成本為45萬元，蘊含的增值為25萬元（70－45），非股權(quán)支付額10萬元，占所支付的股權(quán)價值60萬元的16.67%，不足20%，符合“免稅合并”條件。那么，與取得現(xiàn)金10萬元補償相對應(yīng)的應(yīng)確認的所得為：25÷70×10＝3.57（萬元）。因此，原A公司股東取得B公司的60萬元價值股權(quán)的計稅成本為：45－10＋3.57＝38.57（萬元）。假設(shè)股東隨即以60萬元轉(zhuǎn)讓這部分股權(quán)的話，將實現(xiàn)轉(zhuǎn)讓所得21.43萬元（60－38.57），加上非股權(quán)支付額10萬元確認的3.57萬元所得，正好等于A公司原股權(quán)增值25萬元。