某在華美國企業(yè)的主要業(yè)務(wù)是從國外采購大型機器設(shè)備組件與配件，到中國后再進行進一步生產(chǎn)和組裝。此間，國外供貨商需要對隨同貨物一并收取特許權(quán)使用費，分別簽訂兩份合同。
　　該企業(yè)的財務(wù)人員近日很苦惱，因為海關(guān)部門要求其將特許權(quán)使用費并入完稅價格，這樣就會征收增值稅。但在對外支付特許權(quán)使用費時，又要依據(jù)“營改增”政策的規(guī)定扣繳境外公司的增值稅。而在實務(wù)處理中，該企業(yè)在海關(guān)代征增值稅后，去稅務(wù)機關(guān)辦理特許權(quán)使用費支付的《服務(wù)貿(mào)易、收益、經(jīng)常轉(zhuǎn)移和部分資本項目對外支付稅務(wù)證明》（以下簡稱《稅務(wù)證明》）時，提交了已繳納貿(mào)易項下增值稅的憑證，稅務(wù)機關(guān)并未強制要求再代扣代繳增值稅，只是辦理代扣代繳的企業(yè)所得稅。基于此，財務(wù)人員不知該如何正確理解并適用稅收政策，以避免多重征稅。
　　《中華人民共和國海關(guān)關(guān)于進口貨物特許權(quán)使用費估價辦法》（海關(guān)總署令第102號）第三條規(guī)定，同時符合以下條件的特許權(quán)使用費應(yīng)當計入進口貨物的完稅價格：一是與進口貨物有關(guān)；二是費用的支付作為賣方出口銷售該貨物到中華人民共和國海關(guān)境內(nèi)的條件。
　　從上述案例來看，該企業(yè)進口的是大型機器設(shè)備的組件和配件，兩者之間有著必然的關(guān)系，符合第一個條件。同時，企業(yè)是在支付了特許權(quán)使用費后，境外的設(shè)備供應(yīng)商才發(fā)貨的，符合第二個條件。因此，海關(guān)要求企業(yè)將特許權(quán)使用費并入完稅價格并征收增值稅并沒有錯。
　　同時，根據(jù)《國家外匯管理局、國家稅務(wù)總局關(guān)于服務(wù)貿(mào)易等項目對外支付提交稅務(wù)證明有關(guān)問題的通知》（匯發(fā)〔2008〕64號），境內(nèi)機構(gòu)和個人向境外單筆支付等值3萬美元以上（不含等值3萬美元）下列服務(wù)貿(mào)易、收益、經(jīng)常轉(zhuǎn)移和資本項目外匯資金，應(yīng)當按國家有關(guān)規(guī)定向主管稅務(wù)機關(guān)申請辦理《稅務(wù)證明》：境外機構(gòu)或個人從境內(nèi)獲得的服務(wù)貿(mào)易收入；境外個人在境內(nèi)的工作報酬、境外機構(gòu)或個人從境內(nèi)獲得的股息、紅利、利潤、直接債務(wù)利息、擔保費等收益和經(jīng)常轉(zhuǎn)移項目收入；境外機構(gòu)或個人從境內(nèi)獲得的融資租賃租金、不動產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓收入、股權(quán)轉(zhuǎn)讓收益。
　　需要說明的是，匯發(fā)〔2008〕64號文件所指的服務(wù)貿(mào)易，包括運輸、旅游、通信、建筑安裝及勞務(wù)承包、保險服務(wù)、金融服務(wù)、計算機和信息服務(wù)、專有權(quán)利使用和特許、體育文化和娛樂服務(wù)、其他商業(yè)服務(wù)、政府服務(wù)等交易行為。也就是說，在非貿(mào)易項下支付特許權(quán)使用費時，支付方需再次扣繳該特許權(quán)使用費的增值稅。根據(jù)《企業(yè)所得稅法》的規(guī)定，支付方還需扣繳該特許權(quán)使用費的預(yù)提所得稅。而且，3萬美元以上的付匯必須向銀行及外管局提供相關(guān)費用的完稅證明方可支付。如果進口的貨物和特許權(quán)使用費是用于生產(chǎn)經(jīng)營或銷售貨物，則繳納的增值稅可以作為進項稅額從銷項稅中抵扣，從增值稅上看，并不會造成企業(yè)的稅負損失，只是現(xiàn)金流的提前流出。實際的損失是進口環(huán)節(jié)已經(jīng)繳納關(guān)稅后，在付匯時再度支付了預(yù)提所得稅。進口和付匯的稅款征繳分別由海關(guān)和稅務(wù)機關(guān)管理，兩個機構(gòu)都有征稅權(quán)，此種情況下雙重征稅就很難避免。
　　在未實行“營改增”之前，上述特許權(quán)使用費在實踐中一直存在同時征收進口環(huán)節(jié)增值稅和付匯環(huán)節(jié)營業(yè)稅的問題。有人認為，這種情況屬于兩個稅收體系，很難解決。在實行“營改增”后，支付方企業(yè)（一般納稅人）應(yīng)取得通用稅款繳款書依法抵扣相關(guān)增值稅。已經(jīng)海關(guān)代征境內(nèi)納稅人的增值稅，再支付特許權(quán)使用費時，不需要代扣代繳。
　　那么，作為企業(yè)，如何在“營改增”之后盡可能避免雙重納稅呢？就上述案例中企業(yè)的情形，其可以考慮按照《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實〈中共中央、國務(wù)院關(guān)于加強技術(shù)創(chuàng)新，發(fā)展高科技，實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化的決定〉有關(guān)稅收問題的通知》（財稅字〔1999〕273號），適用增值稅稅收減免的優(yōu)惠規(guī)定，申請享受特許權(quán)使用費減免政策。如果不能減免，特許權(quán)使用費代扣代繳的增值稅與海關(guān)代征的增值稅，企業(yè)如果可以抵扣，則只是影響其資金時間成本，但通常不能減免對方企業(yè)所得稅的義務(wù)。企業(yè)所得稅暫不考慮對方抵免的情形，在單次交易中，表現(xiàn)為稅收成本的組成部分。當然，上述交易能否將特許權(quán)使用費并入貨物的進口價格統(tǒng)籌考慮，從而減少重復(fù)征稅也值得思考。