企業所得稅的減免稅備案是指納稅人將符合企業所得稅減免稅條件的有關資料向主管稅務機關報備，主管稅務機關完成登記備案工作后，通知納稅人開始享受減免稅的程序。納稅人只要按要求報告了相關內容，就算完成了備案程序。備案不同于申請，自然也不需要等待有權機關來進行審批。至于備案的內容是否真實、合法，則不是備案環節所要解決的問題。
　　企業所得稅減免稅備案完全有別于減免稅審批，這種差異不是文字上的表述不同，而是要求在備案的過程中，不能摻雜審批的意識。如果在備案中，滲入了經稅務機關逐級審核后才作出是否同意備案的結論，那就脫離了備案的本源，而是借備案之名行審批之實。在這種情況下，納稅人是可以依法采取行政救濟措施的。
　　《稅收征管法》第三十三條規定，減稅、免稅的申請須經法律、行政法規規定的減稅、免稅審查批準機關審批。而企業所得稅減免稅審批只在《企業所得稅法》第二十九條及其實施條例第九十四條中有相關規定，即實行民族區域自治的自治區、自治州、自治縣對本民族自治地方的企業應繳納的企業所得稅中屬于地方分享的部分，可以決定減征或者免征。自治州、自治縣決定減征或者免征的，須報省、自治區、直轄市人民政府批準。因此，享有企業所得稅減免稅審批權的只有省級人民政府。除省級人民政府授權外，稅務機關是無權進行企業所得稅減免稅審批的。可以說，目前除民族區域自治地方外，企業所得稅減免稅都屬于備案類減免稅項目。
　　《稅收減免管理辦法（試行）》（國稅發[2005]129號）規定，納稅人享受備案類減免稅，應提請備案，經稅務機關登記備案后，自登記備案之日起執行。納稅人未按規定備案的，一律不得減免稅。
　　因此，納稅人在減免稅備案中要關注以下問題：一是備案資料。要準備好主管稅務機關要求提供的有關資料，減免稅政策的執行情況不需要報，因為減免稅尚未執行，何來減免稅政策的執行情況？二是備案時間。針對不同的減免稅項目，不同的省級稅務機關會作不同的時間要求，有的可能只要求在匯算清繳時報送。三是備案對象。由于目前沒有明確的統一規定，備案對象可能是稅務所、辦稅服務廳或相關業務科室。
　　主管稅務機關在備案管理中，也要注意履行相應的義務，即應在受理納稅人減免稅備案后7個工作日內完成登記備案工作，并告知納稅人執行。不得參照行政審批中20個工作日的時間要求。
　　納稅人采用欺騙手段進行減免稅備案獲取減免稅的，稅務機關應取消其減免稅備案資格，停止減免稅優惠，同時可以按照《稅收征管法》第六十三條、六十四條等有關規定予以處理。
　　稅務機關按照實質重于形式原則對企業的實際經營情況進行事后監督檢查。檢查中，發現有關專業技術或經濟鑒證部門認定失誤的，應及時與有關認定部門協調溝通，提請糾正，及時取消有關納稅人的優惠資格，并追繳已經享受的減免稅款。有關部門非法提供證明的，導致未繳、少繳稅款的，按《稅收征管法實施細則》第九十三條規定予以處理。