根據《稅收征管法》的規定，納稅人未按照規定期限繳納稅款的、扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。在稅務檢查中，對查補稅款是一定要加收滯納金的。對稅款按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金，雖然計算比例很低，但如果滯納稅款的時間較長，也可能形成一筆不小的數額。
    按照稅務機關的檢查程序，檢查人員需對有關違法問題履行調查取證、整理案卷、審理、下達《稅務處理決定書》等程序，一般要耗用較長的時間。而被查方通常是按照正常的工作程序，在收到《稅務處理決定書》之后，到辦稅服務廳繳納稅款。加收滯納金的起始時間是從滯納稅款之日起，而截止時間是實際繳納稅款之日，在納稅人沒有實際繳納稅款之前，都屬于滯納時間。
    因此，對于稅務機關查出的稅款，如果稅款額度較小，加收的滯納金無足輕重，被查方可以等到稅務機關下達《稅務處理決定書》后再行繳納；如果查出的稅款額度較大，將加收不菲的滯納金，被查方就應當考慮在稅務機關下達《稅務處理決定書》之前，盡早預繳查補稅款，盡量縮短滯納稅款的時間，爭取少交納滯納金。
    此外，被查方在預繳查補稅款時，應注意如下幾點：
    1.要通過“查補預繳模塊”預繳查補稅款。在稅務機關的辦公系統中，正常申報稅款的繳納與查補稅款的繳納是有區別的。被查方在提前預繳查補稅款時，最好先向稽查局的工作人員咨詢，然后按照稅務人員的要求將稅款通過CTAIS系統的查補預繳模塊繳納。
    2.預繳查補稅款可以分次繳納。相關稅法和稅務機關并沒有規定只能預繳一次，被查方可以分次繳納稅款。