《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，企業(yè)以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為收入總額。因此，企業(yè)從政府處獲得搬遷補(bǔ)償款，無論是貨幣資金還是非貨幣資金，從性質(zhì)和根源上均構(gòu)成稅收上的收入。企業(yè)在納稅申報時，應(yīng)按稅收規(guī)定進(jìn)行稅務(wù)處理。考慮到企業(yè)取得搬遷補(bǔ)償款將用于彌補(bǔ)搬遷損失和支付重建成本，為減輕企業(yè)稅收資金占用負(fù)擔(dān)，對將搬遷補(bǔ)償款確實用于安排搬遷成本的，國家稅務(wù)總局下發(fā)了《關(guān)于企業(yè)政策性搬遷或處置收入有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（國稅函[2009]118號），按企業(yè)是否有搬遷規(guī)劃，明確了具體的稅務(wù)處理方法：
　　一是企業(yè)沒有重置固定資產(chǎn)（用企業(yè)搬遷補(bǔ)償款購置或建造與搬遷前相同或類似性質(zhì)、用途或者新的固定資產(chǎn)和土地使用權(quán)），或沒有改良固定資產(chǎn)、技術(shù)改造或沒有購置其他固定資產(chǎn)的計劃或立項報告，企業(yè)應(yīng)以搬遷補(bǔ)償款加上各類拆遷固定資產(chǎn)的變賣收入、減除各類拆遷固定資產(chǎn)的折余價值和處置費用，將其余額計入企業(yè)當(dāng)年應(yīng)納稅所得額。
　　二是企業(yè)有相應(yīng)的搬遷規(guī)劃，根據(jù)搬遷規(guī)劃，異地重建后恢復(fù)原有或轉(zhuǎn)換新的生產(chǎn)經(jīng)營業(yè)務(wù)，重置固定資產(chǎn)，或?qū)ζ渌�固定資產(chǎn)進(jìn)行改良，或進(jìn)行技術(shù)改造，或安置職工的，對取得的搬遷補(bǔ)償款，準(zhǔn)予扣除固定資產(chǎn)重置或改良支出、技術(shù)改造支出和職工安置支出，其余額計入企業(yè)應(yīng)納稅所得額。考慮到企業(yè)搬遷的階段性需要，稅收上制定了企業(yè)可以推遲（遞延）確認(rèn)收入的優(yōu)惠政策。
　　為約束企業(yè)確實將搬遷補(bǔ)償款用于再生產(chǎn)，稅收對企業(yè)搬遷補(bǔ)償款推遲確認(rèn)收入在時間上作了限制性規(guī)定。即企業(yè)從規(guī)劃搬遷次年起的五年內(nèi)，搬遷補(bǔ)償款暫不計入應(yīng)納稅所得額；在五年期內(nèi)完成搬遷的，搬遷補(bǔ)償款余額應(yīng)并入完成搬遷當(dāng)年的應(yīng)納稅所得額，計算繳納企業(yè)所得稅。五年期滿后，如果企業(yè)仍未完成搬遷，即使在搬遷規(guī)劃確定的計劃內(nèi)，在規(guī)劃搬遷次年起的第六年，也要將搬遷補(bǔ)償款余額并入當(dāng)年應(yīng)納稅所得額，按規(guī)定納稅。