土地增值稅于1994年開征，但由于預征率較低等原因，一直沒能充分發揮調節土地增值收益的作用。

　　在本輪房地產調控中，土地增值稅又一次進入公眾視野。4月份出臺的 “新國十條”指出，稅務部門要嚴格按照稅法和有關政策規定，認真做好土地增值稅的征收管理工作，對定價過高、漲幅過快的房地產開發項目進行重點清算和稽查。隨后，重慶等地陸續出臺的調控細則，也紛紛提到要加緊土地增值稅清算。

　　《通知》指出，土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發票的，要按照發票金額來確認收入；未開具發票或未全額開具發票的，以銷售合同的售房金額及其他收益確認收入。若銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。

　　為了減少開發商通過虛報開發費用等方式來避稅的空間，《通知》明確，開發企業財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額；不能提供金融機構證明的，開發費用按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除。其他房地產開發費用，按照“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的5%以內計算扣除。全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除。

　　此外，《通知》還明確了質量保證金、安置房費用、土地閑置費、契稅等稅費的扣除問題。《通知》最后指出，納稅人按規定預繳土地增值稅后，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關規定的期限內補繳的，不加收滯納金。

　　事實上，在上一輪房價暴漲的時候，有關部門便出臺了土地增值稅清算這一措施。2006年底，國稅總局下發《關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》，要求從2007年2月1日起全面清算土地增值稅。其中列出了七種必須以及可以要求進行土地增值稅清算的情況，包括開發商整體轉讓項目，直接轉讓土地使用權，項目銷售率已達85%，項目三年未銷售完畢等。但隨后金融危機爆發，這一嚴厲政策未能得到執行。

　　而此次下發的《通知》，則是對土地增值稅清算中要注意的細節問題進行明確，與2006年底國家稅務總局下發的通知并不沖突，也就是說，2006年國稅總局下發的通知至今仍然適用。