十八屆三中全會以來，內蒙古不斷完善政府預算體系，完善轉移支付制度，積極盤活存量資金，改革地方政府性債務管理機制，實行“省直管縣財政”管理改革試點，規范非稅收入管理，從而使預算管理制度改革成為全區財稅改革重頭戲。

　　在完善政府預算體系中，內蒙古初步建立由一般公共預算、政府性基金預算、國有資本經營預算、社會保險基金預算組成的政府預算體系，并督促81個部門公開了本部門預算和“三公”經費預算，自治區本級除涉密部門外，2012年以來“三公”經費年均下降18.5%。

　　在完善轉移支付制度中，內蒙古建立基本公共服務支出保障機制，提高一般性轉移支付比例，規范完善邊境地區轉移支付資金管理辦法。2015年，內蒙古下達邊境地區轉移支付資金25.47億元，中央首次將內蒙古納入革命老區轉移支付補助范圍。

　　在盤活存量資金中，內蒙古全面清理統計盟市、部門截至2014年底的財政存量資金，加快推動自治區本級部門和盟市財政部門限期盤活存量資金。2015年，內蒙古存量資金規模較2014年下降了85.5%，盤活的存量資金調整用于重點項目建設。

　　在地方政府性債務管理機制改革中，內蒙古建立起“依法舉債、規范用債、納入預算、控制風險、注重績效”的地方政府債務管理新機制。2015年，內蒙古發行地方政府債券1476.5億元，其中用于置換存量債務的達到1140億元，新增336.5億元，有效防范了債務風險，保障了在建項目的后續融資。

　　在實行“省直管縣財政”管理試點改革中，內蒙古從財政體制、轉移支付、國庫資金、財政結算和地方政府性債務管理等方面明確了自治區與試點旗縣的關系，建立完善了保障各旗縣工資發放的工資專戶制度，出臺了縣級財政保工資、保運轉、保基本民生的意見，并在分配地方政府債券資金時將試點旗縣單列。

　　在規范非稅收入管理中，內蒙古公布了自治區涉企行政事業性收費和政府性基金目錄清單，清理取消、整合規范66項行政事業性收費。