按照《企業所得稅法》及其實施條例規定，企業研發費用享受加計扣除的稅收優惠，需經過項目確認、項目登記和加計扣除3個環節。項目確認由市或直轄市科技局或經信委進行審核，方可發放《企業研究開發項目確認書》；項目登記時，由企業持《企業研究開發項目確認書》向主管稅務機關提出申請，稅務機關對項目進行認證后出具《企業研究開發項目登記信息告知書》；企業依據告知書，每年計算加計扣除金額。
    在加計扣除項目中，通常要說明資金來源，對于獲得政府撥款的研發項目，在申報研發費用加計扣除和企業所得稅匯算清繳時，需注意以下問題。
    企業會計準則對研發費用中財政撥款的處理
    《企業會計準則第16號——政府補助》（以下簡稱準則）規定，政府補助分為與資產相關的政府補助和與收益相關的政府補助。與資產相關的政府補助，是指企業取得的、用于購建或以其他方式形成長期資產的政府補助。此類政府補助，不能直接確認為當期收益，而應當確認為遞延收益，即自相關資產可供使用時起，在使用壽命內平均分配，分次計入以后各期的損益（營業外收入）。相關資產在使用壽命結束前被出售、轉讓、報廢或發生毀損的，應將尚未分配的遞延收益余額一次性轉入資產處置當期的損益（營業外收入）。與收益相關的政府補助，是指除與資產相關的政府補助之外的各項補助。其中對用于補償企業以后期間的相關費用或損失的，取得時確認為遞延收益，并按相關費用發生期間計入當期損益（營業外收入）；對用于補償企業已發生的相關費用或損失的，取得時直接計入當期損益（營業外收入）。
    由于企業申請獲得的研發項目財政撥款，一般不是用于購建或以其他方式形成長期資產，加之研發項目本身具有一定的投資風險，不具備確認為資產的條件，因此大多屬于與收益有關的政府補助。在會計處理上，補償以前發生的研發費用時，借記“銀行存款”，貸記“營業外收入”。收到財政撥款時，借記“銀行存款”，貸記“遞延收益”。發生相應研發支出時，借記“開發支出”，貸記“銀行存款”，同時分期確認收益，借記“遞延收益”，貸記“營業外收入”。
    開發項目取得的財政撥款在研發費用加計扣除中的處理
    《國家稅務總局關于印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發[2008]116號）附件《研發項目可加計扣除研究開發費用歸集表》中明確規定，從有關部門和母公司取得的研究開發費專項撥款應予以剔除，不得計入加計扣除額。這是因為財政撥款和母公司撥款屬于不征稅收入，其用于支出形成的費用當然也不能在計算應納稅額時扣除。至于如何確定在當年發生的研發費用中有多少金額是由財政撥款支付的，取決于企業對該項資金的取得與發生的支出是否單獨核算。如果不單獨核算，則應將當年度收到的財政撥款全額剔除；如果單獨核算，則可在研發費用總額中剔除屬于當年用財政撥款支付的金額，而后計算加計扣除金額。
    開發項目取得的財政撥款在企業所得稅匯算清繳中的處理
    企業研究開發項目取得的財政撥款，不論在會計上如何處理，均應根據具體情況確認收入。稅前扣除的確認應遵循企業所得稅法規定的原則。《財政部、國家稅務總局關于專項用途財政性資金企業所得稅處理問題的通知》（財稅[2011]70號）規定，自2011年1月1日起，企業從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：（一）企業能夠提供規定資金專項用途的資金撥付文件；（二）財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；（三）企業對該資金以及以該資金發生的支出單獨進行核算。也就是說，企業研發項目取得的上述財政撥款可不確認收入。同時，上述不征稅收入用于支出所形成的費用，也不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產，計提的折舊、攤銷也不得在計算應納稅所得額時扣除。需要關注的是，企業將上述研發項目取得的財政撥款作不征稅收入處理后，如在5年（60個月）內未發生支出又未繳回財政或有關撥付資金的主管部門的部分，需重新計入取得該資金第六年的收入總額。重新計入收入總額的財政性資金發生的支出，允許在發生年度計算應納稅所得額時扣除。