納稅義務人
　　從股權收購定義看，股權收購交易的對象是被收購企業的股權。在股權收購過程中，涉及收購企業、被收購企業及被收購企業股東三方。其中應按稅法規定進行所得稅處理的是收購企業、被收購企業股東兩方，而不包括被收購企業。
　　股權收購中一般性處理規定
　　（一）收購企業涉及的所得稅處理。
　　1．支付對價涉及的所得稅處理。當收購企業支付的對價包括固定資產、無形資產等非貨幣資產時，雖然財稅〔2009〕59號文件未明確規定應確認所涉及非貨幣資產的轉讓所得或損失，但由于資產的所有權屬發生了變化，因此收購企業應按稅法規定確認資產的轉讓所得或損失。
　　2．取得被收購企業股權計稅基礎的確定。由于收購企業支付的對價無論是股權支付，還是非股權支付均是按公允價值支付的，因此按照所得稅的對等理論，依據財稅〔2009〕59號文件的規定，收購企業應按公允價值確定被收購企業股權的計稅基礎。
　　（二）被收購企業股東涉及的所得稅處理。
　　1．放棄被收購企業股權涉及的處理。股權收購過程中，被收購企業股東放棄被收購企業股權而取得收購企業支付的股權和非股權，其實質應分解為兩項業務，即先轉讓被收購企業股權，然后再以轉讓收入購買股權或非股權支付，因此依據財稅〔2009〕59號文件的規定，被收購企業股東應確認股權轉讓所得或損失。
　　2．取得股權支付和非股權支付計稅基礎的處理。由于被收購企業股東確認了放棄被收購企業股權的轉讓所得或損失，因此按照所得稅的對等理論，對其取得的股權支付和非股權支付均應按公允價值確定計稅基礎。
　　股權收購中特殊性處理規定
　　依據財稅〔2009〕59號文件規定，符合特殊性處理條件的股權收購，收購企業和被收購企業股東涉及下列所得稅問題。
　　（一）收購企業涉及的所得稅處理。
　　支付對價涉及的所得稅處理。收購企業支付非股權對價涉及的所得稅問題，同前面所述一般性處理規定。這里應注意的是，財稅〔2009〕59號文件規定的特殊性處理，不僅涉及股權支付應如何進行所得稅處理，還涉及收購企業支付非股權對價的所得稅處理，但無論是一般性處理還是特殊性處理，凡收購企業支付對價涉及非股權等其他非貨幣性資產的，均應按稅法規定確認其轉讓所得或損失。
　　（二）被收購企業股東涉及的所得稅處理。
　　1．放棄被收購企業股權是否確認股權轉讓所得或損失。為支持企業進行重組，緩解納稅人在資金上的納稅困難，依據財稅〔2009〕59號文件的規定，符合特殊處理條件的股權收購業務，被收購企業股東可暫不確認股權轉讓所得或損失。這里應注意，如果被收購企業股東除取得收購企業的股權外，還取得收購企業支付的非股權支付，被收購企業股東應確認非股權支付對應的股權轉讓所得或損失。
　　例如，中外合資企業亞斯特公司以本企業20%的股權（公允價值為5700萬元）和300萬元現金作為支付對價，收購環宇公司持有的瑞豐公司80%的股權（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）。由于亞斯特公司收購瑞豐公司股權的比例大于75%，股權支付占交易總額比例：5700÷6000=95%，大于85%，假定同時符合特殊處理的其他條件。雖然依據財稅〔2009〕59號文件規定，環宇公司可暫不確認轉讓瑞豐公司股權的全部轉讓所得，但應確認取得非股權支付額300萬元現金對應的股權轉讓所得，即應確認股權轉讓所得：（6000－1000）×（300÷6000）=250（萬元）。
　　2．取得股權支付和非股權支付計稅基礎的確定。雖然財稅〔2009〕59號文件規定，符合特殊處理條件的股權收購業務，在涉及非股權支付的情況下，應確認非股權支付對應的資產所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎，但未明確應如何調整相應資產的計稅基礎。按照所得稅對等理論，被收購企業股東應以被收購企業股權的原計稅基礎加上非股權支付額對應的股權轉讓所得，作為取得的股權支付額和非股權支付額的計稅基礎。其中，非股權支付額的計稅基礎應為公允價值，所以取得收購企業股權的計稅基礎應為被收購企業股權的原計稅基礎加上非股權支付額對應的股權轉讓所得減去非股權支付的公允價值。
　　為什么取得非股權支付額的計稅基礎為公允價值？收購企業支付對價（股權支付及非股權支付）取得被收購企業股權，其實質相當于被收購企業股東以其持有的被收購企業股權換取收購企業的股權及非股權支付。站在被收購企業股東一方看，可以理解為被收購企業股東將其所持有股權的一部分股權進行了轉讓，獲得的利益是取得收購企業支付的非股權支付額，由于稅法上確認了這部分利益對應的股權轉讓所得，所以非股權支付的計稅基礎應為對應股權的原計稅基礎加上確認的轉讓所得，即非股權支付額的公允價值。同時，被收購企業股東還將其持有的被收購企業股權的一部分與收購企業的股權進行了交換，由于按稅法規定，可暫不轉讓此部分股權的轉讓所得或損失，所以應按用于交換部分股權的原計稅基礎作為取得收購企業股權的計稅基礎。如何確認被收購企業股權用于交換部分的計稅基礎是確認收購企業股權計稅基礎的關鍵。假設用于轉讓部分股權的計稅基礎為X，則有：
　　被收購企業股權的公允價值：被收購企業股權的計稅基礎=非股權支付的公允價值 ：X
　　通過此等式解出X值，即可確認取得收購企業股權的計稅基礎=被收購企業股權的原計稅基礎－X。
　　仍以上例說明：環宇公司取得現金資產的計稅基礎應為300萬元，取得亞斯特公司股權的計稅基礎應為1000+250－300=950萬元。也可設瑞豐公司用于轉讓部分的股權計稅基礎為X，則有：6000∶1000=300∶X，其中X=50萬元，所以用于交換A公司股權的計稅基礎為1000－50=950萬元。未來環宇公司轉讓亞斯特公司股權時允許扣除的計稅基礎為950萬元，而不是初得時的公允價值5700萬元。可見，財稅〔2009〕59號文件對股權收購特殊處理的規定，并不是讓被收購企業的股東真正享受所得稅的免稅待遇，而是為支持企業并購重組，允許其遞延繳納企業所得稅而已。