海關將改革加工貿(mào)易傳統(tǒng)的監(jiān)管模式，簡化現(xiàn)行手續(xù)。實現(xiàn)加工區(qū)貨物在主管海關“一次報關，一次審單，一次查驗”的通關要求。其管理模式與傳統(tǒng)的監(jiān)管模式相比具有較大的優(yōu)越性，主要有以下幾個特征：1.管理手段上強化現(xiàn)代通信技術(shù)和計算機網(wǎng)絡技術(shù)的應用，使用電子數(shù)據(jù)傳輸銜接海關之間監(jiān)管，逐步取代傳統(tǒng)的監(jiān)管；2.區(qū)域管理上強化對區(qū)域的整體管理，簡化對逐個企業(yè)的管理；3.加工貿(mào)易業(yè)務管理上強化對企業(yè)開展的加工貿(mào)易業(yè)務的整體管理，簡化對逐個合同的管理；4.貨物通關管理上強化對進、出區(qū)貨物在進出加工區(qū)卡口時的實際監(jiān)管，簡化辦理通關的手續(xù)，逐步滿足現(xiàn)代跨國型企業(yè)零庫存生產(chǎn)的需要。在具體做法上：

（1）海關對加工區(qū)采取全封閉、卡口式24小時監(jiān)管制度。卡口分別設立貨物和人員進/出通道。

（2）海關對加工區(qū)企業(yè)采用計算機管理的模式。海關與區(qū)內(nèi)企業(yè)實行計算機聯(lián)網(wǎng)，進行電子數(shù)據(jù)的傳輸和辦理通關手續(xù)；加工區(qū)海關與口岸海關實行計算機聯(lián)網(wǎng)。

（3）對區(qū)內(nèi)企業(yè)開展加工貿(mào)易業(yè)務不實行加工貿(mào)易銀行保證金臺帳制度，取消《登記手冊》，海關改用電子帳簿管理，實行半年一次的總量扣減核銷制度。

（4）對區(qū)內(nèi)與境外之間進、出的貨物，實行“備案制”管理，貨物進（出）口時，由企業(yè)填寫《中華人民共和國海關進口（出口）貨物報關單》作貨物進（出）口申報。

（5）加工區(qū)與口岸、加工區(qū)與加工區(qū)之間進/出的貨物、物品，采取直通式或轉(zhuǎn)關運輸?shù)谋O(jiān)管模式，一律在加工區(qū)主管海關報關并在卡口查驗、放行。