建設工程結算糾紛對發包方、承包方、分包方的利益都有很大的影響。從發包方角度來講，將影響到建設工程的移交、綜合驗收的組織；從承包方的角度來講，會影響到總承包方與分包方的結算、承包方與材料供應方的材料款結算、承包方與建筑工人的工資結算等。因此，妥善解決建設工程款結算糾紛，從法律的角度來規范結算過程，不僅能解決當事各方具體經濟糾紛，而且對穩定社會大局、促進社會和諧都具有很大的意義。
　　本文試圖通過對建設工程結算糾紛這一問題的深層次原因進行分析，并從法律的角度出發提出解決問題的對策。
　　一、建設工程結算糾紛的主要表現
　　建設工程結算糾紛歸集起來主要表現在以下幾方面：
　　工程量方面。工程量一般指的是由于變更簽證引起的工程量增加。理論上應該是先由承包方做書面變更簽證申請，經建設單位審批后再施工。土建工程的工程量爭議主要是合同生效后增加的工程量及對隱蔽工程的工程量清單未做三方確認，僅憑承包方施工日記進行結算，發包方提出異議。安裝工程的工程量爭議，主要表現在隱蔽在墻體中的管線鋪設記錄與確認問題。
　　竣工決算時間的爭議。建設工程承包合同簽署之前承包方會提交一份預算報告，工程竣工后再由承包方提出決算報告，經發包方審核達成一致后由發包方支付。承包方提交決算報告的前提是工程“竣工”。“竣工”在實際執行過程中的情況比建設工程承包合同的“竣工”要復雜得多。承包方往往為了承攬業務，對發包方在合同中設下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同約定的工程量履行完畢，發包方也以整個工程沒有“竣工”為理由，而拒收承包方的決算報告。發包方就以“決算不成熟”為由拒付工程款。
　　違約的爭議。無論承包方的逾期竣工，還是發包方未能提供施工進場的條件、中期擅改設計、未按形象進度支付進度款、建設工程材料不能及時供應從而造成停工等情形，最終都以違約金的形式反饋到工程款的結算中。違約之爭在建設工程結算糾紛中比較常見。
　　建筑材料品質的爭議。建設工程招投標時對工程主要建筑材料品質有所要求或承諾，但由于建筑材料市場供求關系的影響，有時使得承包方轉而采用合同外的其他建材，因此，引起結算糾紛是很常見。
　　總包與分包的爭議。激烈的市場經濟條件下，社會分工越來越細，一個大型建設工程很難由單一的總承包商完成，而且有些勞務作業需要大量的人力，也無法由總承包公司獨立完成。因此，總承包單位承攬建設項目后經建設單位同意，一般都會將其中的專業工程和勞務作業分包相應的分包單位。如果發包方就全額工程款結算完畢，則發生結算爭議的可能性較小，如果發包方只進行部分結算，則很容易釀成總承包單位與分包單位的爭議。而且總承包單位與分包單位之間除工程款結算外，還存在著管理費之爭。如果建設單位參與指定或者暗示分包單位，則引起的工程款結算糾紛會更復雜。這類糾紛在建設工程領域比較普遍。
　　發票的爭議。建設工程款絕大部分都是分期付款，建設工程的成本核算需要工程竣工后才能進行。因此，少數私有企業發包方在分期付款時可能會忽視立即索取工程款發票。而某些承包方，特別是掛靠性質的臨時施工隊，為偷逃稅收有時以未收到全額工程款為由，拒絕開具稅收發票。當全額發票應付的稅款超過剩余工程款時，這種糾紛發生的可能性更大。
　　尾款的爭議。建設工程竣工移交后，承包人按照合同要求應在一年內進行保修。為了保證承包方履行保修義務，發包方一般在合同中約定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期滿后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的銀行保函加以保證。5%尾款爭議的原因在于承包人是否能在保修期內適當履行保修義務。
　　合同的爭議。這方面的爭議在建設工程領域有一定的代表性。實力雄厚的建設工程發包方利用其在簽約中所處的優勢地位，就同建設工程除與承包人公開簽訂建設工程施工合同外，又強迫承包人簽訂另一份包括工程價款、工期等方面內容與合同不一致且有利于發包方的建設工程施工合同，即所謂“陰合同”。進入結算階段時，兩份相矛盾的合同究竟誰是結算標準成為爭議焦點。根據合同法原理，應該認定后一份合同為標準（因為時間在后），按照招投標法，應該認定前一份合同為標準（因為該合同是公平競爭的招投標結果）。
　　二、建設工程結算糾紛的深層次原因分析
　　建設資本金準備不足。以房地產業為例，部分開發商實際上很少準備足額的自有資金。一般只準備前期部分資金，其余建設資金來自兩個方面：一方面是銀行融資；另一方面是收取業主的預付款。無論是銀行融資，還是收取預售房款，都不一定能保證建設資金及時支付。因為開發商融資能否成功要受國家信貸政策的制約，而預售款的收取受房地產市場大局及該項目設計及宣傳力度的影響。任何一個環節資金鏈的斷開都將影響開發商的支付能力，從而引發工程款的結算糾紛。
　　建設工程發包過程中違法行為。建設工程發包過程中影響結算的違法行為有如下幾種情況：一是建設工程招投標程序中的違法行為，對參與投標的施工單位的資質疏于把關，讓無相應資質的承包方以掛靠方式通過資格預審。二是招投標程序中的串標、泄露標底的行為，導致建設工程款被人為抬高或者壓低，工程竣工時發生顯失公平之爭。
　　缺乏有效的誠信機制。非誠信行為是建設工程領域最大的危害。而法律的缺陷與軟弱又助長了該領域的非誠信之風。非誠信引發的結算糾紛表現在發包方在竣工驗收、工程決算及5%尾款支付甚至毫無根據的拖欠等方面制造人為糾紛。
　　買方市場下，建設工程發包方濫用市場優勢，合同雙方權利失衡。市場經濟條件下，競爭日趨激烈。建筑行業也不例外，始終處于僧多粥少的買方市場狀態。正因為如此，許多發包方企圖從買方市場中獲取非正常利益。表現在對工程承包方提出不合理的要求，承包方盡管知道不合理，為了市場生存也只得接受。
　　法制缺陷留下造成逃廢工程款的漏洞。由于項目公司屬獨立法人，按照公司法精神，項目公司股東即開發商與投資商僅在注冊資金范圍內對項目公司的債權債務承擔責任，也就是說只要項目公司注冊資金到位，項目公司的股東其實就不必再為項目公司的債權債務承擔責任。而項目公司的注冊資金遠遠小于項目投資總額。這一法制缺陷時常被不良開發商利用，以法人有限責任的幌子逃廢工程欠款。