《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》規(guī)定，企業(yè)根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第五十四條規(guī)定，分月或者分季預(yù)繳企業(yè)所得稅時，應(yīng)當(dāng)按照月度或者季度的實(shí)際利潤額預(yù)繳；按照月度或者季度的實(shí)際利潤額預(yù)繳有困難的，可以按照上一納稅年度應(yīng)納稅所得額的月度或者季度平均額預(yù)繳，或者按照經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)可的其他方法預(yù)繳。預(yù)繳方法一經(jīng)確定，該納稅年度內(nèi)不得隨意變更。之后，國家稅務(wù)總局根據(jù)各地貫徹落實(shí)《關(guān)于印發(fā)〈中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表〉等報表的通知》（國稅函〔2008〕44號）過程中反映的問題，下發(fā)了《關(guān)于填報企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2008〕635號）。基于這些法規(guī)及規(guī)范性文件，企業(yè)在進(jìn)行所得稅預(yù)繳時應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注以下幾方面問題。
　　預(yù)繳所得稅的基數(shù)
　　企業(yè)預(yù)繳的基數(shù)為“實(shí)際利潤額”，而此前的預(yù)繳基數(shù)為“利潤總額”。“實(shí)際利潤額”為按會計(jì)制度核算的利潤總額減除以前年度待彌補(bǔ)虧損以及不征稅收入、免稅收入后的余額，即按新規(guī)定，允許企業(yè)所得稅預(yù)繳時，不但可以彌補(bǔ)以前年度的虧損，而且允許扣除不征稅收入、免稅收入。這在一定程度上減輕了企業(yè)流動資金的壓力。
　　不征稅收入的處理
　　《企業(yè)所得稅法》第七條規(guī)定，收入總額中的不征稅收入為：財(cái)政撥款，依法收取并納入財(cái)政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)、政府性基金，國務(wù)院規(guī)定的其他不征稅收入。《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》指出，《企業(yè)所得稅法》第七條第（三）項(xiàng)所稱國務(wù)院規(guī)定的其他不征稅收入，是指企業(yè)取得的，由國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門規(guī)定專項(xiàng)用途并經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)的財(cái)政性資金。對于稅法上規(guī)定的不征稅收入，在會計(jì)上可能作為損益計(jì)入了當(dāng)期利潤，按照《企業(yè)會計(jì)準(zhǔn)則第18號——所得稅》的規(guī)定，上述財(cái)稅差異不屬于暫時性差異，在未來期間無法轉(zhuǎn)回，應(yīng)該歸為永久性差異，在所得稅預(yù)繳或匯算清繳時，按照“調(diào)表不調(diào)賬”的原則，企業(yè)應(yīng)作納稅調(diào)減處理。
　　免稅收入的處理
　　根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第二十六條，《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》以及財(cái)政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財(cái)稅〔2008〕1號）的規(guī)定，免稅收入主要包括：國債利息收入，符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益，在中國境內(nèi)設(shè)立機(jī)構(gòu)、場所的非居民企業(yè)從居民企業(yè)取得與該機(jī)構(gòu)、場所有實(shí)際聯(lián)系的股息、紅利等權(quán)益性投資收益，符合條件的非營利組織的收入。
　　對于免稅收入，可能形成永久性差異（國債利息收入），也可能是暫時性差異（投資收益），企業(yè)應(yīng)視具體情況進(jìn)行分析。
　　【例】A公司2009年第一季度會計(jì)利潤總額為100萬元，其中包括國債利息收入5萬元，企業(yè)所得稅稅率為25％，以前年度未彌補(bǔ)虧損15萬元。企業(yè)“長期借款”賬戶記載：年初向建設(shè)銀行借款50萬元，年利率為6%；向B公司借款10萬元，年利率為10%，上述款項(xiàng)全部用于生產(chǎn)經(jīng)營。另外，計(jì)提固定資產(chǎn)減值損失5萬元。假設(shè)無其他納稅調(diào)整事項(xiàng)。A公司第一季度預(yù)繳所得稅的數(shù)額確定和會計(jì)處理如下：
　　企業(yè)預(yù)繳的基數(shù)為會計(jì)利潤100萬元，扣除上年度虧損15萬元以及不征稅收入和免稅收入5萬元后，實(shí)際利潤額為80萬元。對于其他永久性差異，即題目中長期借款利息超支的4萬元〔10×（10%－6%）〕和暫時性差異（資產(chǎn)減值損失5萬元），季度預(yù)繳時不作納稅調(diào)整。會計(jì)處理為：
　　借：所得稅費(fèi)用             200000
　　   貸：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交所得稅  200000（800000×25%）
　　下月初繳納企業(yè)所得稅：
　　借：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交所得稅 200000
　　   貸：銀行存款                200000
　　年度預(yù)繳及匯算清繳處理
　　1.假設(shè)第二季度企業(yè)累計(jì)實(shí)現(xiàn)利潤140萬元，第三季度累計(jì)實(shí)現(xiàn)利潤-10萬元，第四季度累計(jì)實(shí)現(xiàn)利潤110萬元，則每季度末會計(jì)處理如下：
　　第二季度末：
　　借：所得稅費(fèi)用                150000
　　   貸：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交所得稅     150000[（1400000－800000）×25%]
　　下月初繳納企業(yè)所得稅：
　　借：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交所得稅    150000
　　   貸：銀行存款                    150000
　　第三季度累計(jì)利潤為虧損，不繳稅也不作會計(jì)處理。
　　第四季度累計(jì)實(shí)現(xiàn)利潤110萬元，稅法規(guī)定應(yīng)先預(yù)繳稅款，再匯算清繳。由于第四季度累計(jì)利潤小于以前季度（第二季度）累計(jì)實(shí)現(xiàn)利潤總額，暫不繳稅也不作會計(jì)處理。
　　2.經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核，假如該企業(yè)匯算清繳后全年應(yīng)納稅所得額為120萬元，應(yīng)繳企業(yè)所得稅額為30萬元，而企業(yè)已經(jīng)預(yù)繳所得稅額35萬元。按照相關(guān)規(guī)定，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應(yīng)繳納的稅款。
　　一般情況下，稅務(wù)機(jī)關(guān)為了減少稅金退庫的麻煩，實(shí)務(wù)中，大多將多預(yù)繳的上年度企業(yè)所得稅抵繳下一年度應(yīng)繳納的稅款。這種情況下，企業(yè)的會計(jì)處理為：
　　借：其他應(yīng)收款——所得稅退稅款        50000
　　   貸：以前年度損益調(diào)整——所得稅費(fèi)用     50000
　　3.假如2009年第一季度應(yīng)預(yù)繳企業(yè)所得稅為15萬元，會計(jì)處理如下：
　　借：所得稅費(fèi)用               150000
　　   貸：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交所得稅    150000
　　下月初繳納企業(yè)所得稅：
　　借：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交所得稅     150000
　　   貸：銀行存款                    100000
　　       其他應(yīng)收款——所得稅退稅款   50000
　　另外，企業(yè)應(yīng)注意，按照《企業(yè)會計(jì)準(zhǔn)則第18號——所得稅》的規(guī)定，對于暫時性差異產(chǎn)生的對遞延所得稅的影響，應(yīng)該按照及時性原則，在產(chǎn)生時立即確認(rèn)，而非在季末或者年末確認(rèn)，即以上資產(chǎn)減值損失形成的暫時性差異，應(yīng)該在計(jì)提時同時作以下分錄：借記“遞延所得稅資產(chǎn)”12500，貸記“所得稅費(fèi)用”12500。